Výstav pivovaru v roce 1994 byl kolem 100 000 hl. Export činil 20 % produkce a směřoval do Ruska, Kazachstánu, Azerbajdžánu, Rumunska, Polska, Maďarska a na Ukrajinu. Pivovar Prostějov vznikl privatizací bývalého státního podniku. Ačkoli kapacita pivovaru umožňovala produkovat 180 tisíc hl piva ročně, zařadila se firma mezi malé pivovary. V roce 1994 navařila jen 68 000 a v roce 1995 již jen 53 000 hl piva. Podnik zásoboval zejména Prostějovsko, ale část produkce vyvážel například i na Slovensko, Ukrajinu, do Švédska a do Polska. V roce 1995 vyráběl pivovar sedm druhů piv - světlou 10 %, 11 %, 12 % a 14 %, dia světlé i tmavé a nealkoholické. Hrozba konkursu visela nad pivovarem již od května 1997. Tehdy návrh na prohlášení konkursu podala společnost Termoservis. Majoritním vlastníkem pivovaru, zatíženého 90miliónovým dluhem se v září 1998 stal podnikatel Jiří Petr, který se rozhodl, že tradiční výrobu prostějovského Ječmínka obnoví. Na počátku roku 1999 začal jednat se zahraničním investorem, jenž by podnik zachránil. Pivovar doplatil nejen na špatné hospodaření, které firmě přineslo milionové dluhy u bank a dodavatelů, ale i na ztrátu dobré pověsti. Minulý management potřeboval peníze, a tak pivo pustil na trh o dva až tři týdny dříve, než měl. Nebylo pak dobré a zákazníci se od pivovaru odvrátili. "Tady se točilo prostějovské pivo snad osmdesát let, prostě od té doby, co hospoda otevřela. V roce 1998 se však hodně zkazilo, a tak jsme přešli na jinou značku. To víte, jak lidi jednou zklamete, těžko je přesvědčíte, že to bude lepší," mínila servírka z prostějovského hostince V chaloupce. Ostatní hostinští, kteří dříve také čepovali Ječmínka, jí dávali za pravdu. Ačkoli ředitel pivovaru Petr doufal, že se mu časem podaří získat bývalé odběratele zpět, v Prostějově se už žádná hospoda k Ječmínku nevrátila. "To by muselo být opravdu dobré pivo, abychom to udělali. Bylo nás hodně, kteří jsme brali prostějovské pivo, ale od zdejšího pivovaru jsme nikdy nic navíc nedostali. Před časem jsme přešli na Braník a máme jejich firemní podtácky, účtenky, pípu a spravili nám chlazení," vypočítala výhody nové značky hostinská z hospody U Rybáře, která z obavy, že ji přijdou z prostějovského pivovaru vynadat, odmítla zveřejnit jméno. Ředitel pivovaru však tvrdil něco jiného: "Ještě nedávno jsme pro jednu hospodu ručně stáčeli sudy, abychom jí vyhověli. Když jsme pak objížděli bývalé odběratele, abychom je přesvědčili, že prostějovskému pivu vrátíme kvalitu, netvářili se vyloženě odmítavě." Práce v podniku, v němž zůstala zhruba ze sedmi desítek zaměstnanců jen hrstka věrných, kteří vzali za vděk šedesátiprocentní mzdou, byla značně omezena. Řádně nefungovala elektřina, v provozu byl pouze jediný telefon. Přesto pivovar na počátku roku 1999 navařil desetistupňového a dvanáctistupňového piva za jeden a půl milionu korun. Před branou podniku se pak objevila cedule s nápisem Ochutnávka a prodej piva. Zájem však nebyl v prvních dnech moc velký. "Pokud vím, dnes se prodaly jen dvě půllitrové láhve. Nejspíš je potřeba, aby se to pořádně rozkřiklo," mínila jedna z pracovnic pivovaru. Nový ředitel je však byl připraven i na variantu, že si zdejší zákazníky již nenakloní. "Pokud dohoda se zahraničním partnerem klapne, budeme mít zajištěno také odbytiště," naznačil Petr.
Krajský obchodní soud v Brně dne 2. 7. 1999 svým usnesením prohlásil konkurz na majetek dlužníka Pivovar Prostějov a. s., Prostějov, Vrahovická 57.
Velké otazníky v květnu 2001 stále visely nad osudem pivovaru, který byl od roku 1999 kvůli vysokým dluhům v konkurzu. I když o majetek pivovaru projevilo zájem několik firem a podnikatelů, správci konkurzní podstaty se zatím nepodařilo jednání o jeho prodeji dotáhnout do zdárného konce. "Zájemců bylo mnoho, zatím se ale žádný prodej neuskutečnil. Jednání většinou ztroskotala na nedostatku peněz," řekl správce konkurzní podstaty Pivovaru Prostějov Josef Bouda. Regionální týdeník Prostějovský večerník zveřejnil, že jeden ze současných zájemců o majetek pivovaru zvažuje obnovení výroby. "Výroba piva by se zde mohla rozjet okamžitě. Stávající zařízení je zakonzervované a neporušené," řekl listu bývalý náměstek pivovaru Jaroslav Sekanina.
Objekty bývalého pivovaru na jaře 2001 využívala firma Beta Gril k přípravě kuřat ke grilování.