Pivovar, který počátkem devadesátých let koupil kontroverzní podnikatel František Mrázek a podle některých informací za ním doposud stál jeho syn Michal,byl na jaře 2008 v konkurzu. Potvrdil to jeho jednatel Jiří Shrbený. Českokrumlovský podnik vyhlásil insolvenční řízení sám na sebe. "Podali jsme to 11. dubna. Neprávem nás odsoudili k úhradě za dodání zboží v ceně sedm milionů a teď je to s úroky, advokáty, soudními poplatky necelých deset milionů," tvrdil Jiří Shrbený. "My máme po roce soudu právoplatně odsouzenou pohledávku v řádech milionů korun," potvrdil šéf Factoringové společnosti České spořitelny Lubomír Civín. Záležitost byla podle Shrbeného stará dva roky. Tehdy dodavatel dodal pivovaru poškozené chmelové produkty a Eggenberg je proto vrátil a nezaplatil. A tak vznikla pohledávka. "Dodavatel - firma Orin - ji pak převedla na factoring České spořitelny a ta po nás chtěla úhradu," řekl Shrbený. Eggenberg navštívil exekutor a měl obstavené účty. Přesto jeho vedení věří, že se z problémů dostane. "Rozhodnout musí asi dovolací soud. Nedokážu ale odhadnout, kdy to skončí," tvrdil Shrbený s tím, že provoz zatím běžel dál. Pivovar už muselo opustit několik zaměstnanců a všechen majetek podniku byl převeden na jiné společnosti.
S pivovarem bylo v dubnu 2008 zahájeno insolvenční řízení a v květnu 2008 na něj byl prohlášen konkurz (KSCB 27 INS 1466/2008). Návrh podal dlužník sám s tím, že jeho závazky po lhůtě splatnosti činily k 11. dubnu 2005 celkem 154 milionů, majetek včetně pohledávek a zásob asi 73 miliony, a společnost byla tedy předlužena. Podle návrhu byl v platební neschopnosti především proto, že Vrchní soud v Praze „otočil“ rozhodnutí Krajského soudu v Č. Budějovicích a přiznal Factoringu České spořitelny pohledávku 7,24 milionu s příslušenstvím. Krajský soud nato k jejímu vymožení nařídil exekuci a exekutor vydal exekuční příkaz, na jehož základě nemohl pivovar disponovat se svým majetkem. Ke konkurzu přihlásilo pohledávky 50 věřitelů. V majetku dlužníka byl drobný investiční majetek, nedokončená výroba, zásoby a něco na účtech a pokladnách v celkové výši kolem šestnácti milionů, aktuálně však nikoliv nemovitosti, které vlastnil jiný subjekt, společnost s ručením omezeným, a část zařízení, které patřilo leasingové společnosti. Vklad nemovitého majetku do společnosti Pivo Eggenberg A. D. 1560, spol. s r. o., hodlal správce napadnout žalobou jako neúčinný právní úkon. Vklad 210 milionů byl dle internetové verze obchodního rejstříku „oceněn“ na 30procentní majetkový podíl, 20tisícové vklady dvou fyzických osob pak po 35 procentech...Pohledávky úpadce za dodavateli naopak činily k polovině května asi 4,5 milionu. Dále správce evidoval pohledávku 5,5 milionu za společností Eggenberg, spol. s r. o., jediného společníka – předsedy představenstva úpadce Jiřího Shrbeného – z titulu poskytnutého ručitelského závazku. Prohlášením konkurzu skončila platnost povolení provozování daňového skladu, společnost přestala být plátcem spotřební daně a musela přestat vyrábět: tedy mohla dál stáčet a prodávat zásoby, ale nesměla vařit nové pivo.
Na českobudějovickém Výstavišti proběhly v červnu 2008 Slavnosti piva, jejichž součástí byl i 12. ročník degustační soutěže "Pivo České republiky 2008". V kategorii piv se sníženým obsahem cukru bodoval druhým místem pivovar Eggenberg.
V nezáviděníhodné situaci byl pivovar v červenci 2008. Podnik, na nějž byl v květnu 2008 kvůli dluhům vyhlášen konkurz, potřeboval vydělávat. Podle zákona ale nemohl vařit pivo. To byla obzvláště v letní sezoně citelná ztráta. „Zákon o spotřební dani totiž říká, že její plátce nesmí být v konkurzu. Vyrábět pivo tedy nemůžeme. Zatím prodáváme zásoby ze skladů,“ vysvětlil insolvenční správce pivovaru Štěpán Bláha. Dodal, že v červenci 2008 jednal s několika zájemci, kteří by varnu mohli provozovat. Tím by podniku pomohli znovu vytvořit zásoby, které se nebezpečně tenčily. Stáčet a prodávat pivo Eggenberg dál mohl. „Věřím, že se vše vyřeší do týdne. Zatím se nedá říci, že by někde naše značka chyběla,“ dodal Bláha. V pivovaru pracovalo okolo třiceti lidí. Šest techniků nedávno propustil. Ostatní zaměstnanci čekali, co bude dál.

Informace o pivovaru zde uvedené mají pouze neoficiální charakter.